A encomenda entrou às 22h47, o MB WAY confirmou o pagamento e o cliente recebeu um email do Shopify com o resumo da compra. Parece tudo em ordem. Só que aquele email não é uma fatura, e em Portugal cada venda precisa de uma. Quem gere uma loja online descobre isto a tempo, quando monta a loja, ou tarde, quando o contabilista pergunta onde estão as faturas de dezembro. Este artigo é para chegar lá pela primeira via, com o Moloni ou o Vendus ligados ao Shopify.
Porque é que o Shopify não chega para faturar em Portugal
O Shopify é uma plataforma canadiana presente em mais de 175 países e não tenta cumprir as regras fiscais de cada um deles. Os documentos que gera (confirmação de encomenda, PDF de uma app de impressão) informam o cliente, mas não têm valor legal como fatura em Portugal. A fatura tem de ser emitida por um programa certificado pela Autoridade Tributária, e o Shopify não é um deles. É por isso que todas as lojas portuguesas que acompanhamos, da Bísaro à Peppy, têm um software de faturação ligado à loja.
O que está em vigor, consultado em setembro de 2026 no Portal das Finanças e junto dos fabricantes de software, resume-se em cinco pontos. Primeiro, a obrigação de emitir fatura em todas as vendas, mesmo a consumidores finais que não pedem NIF. Segundo, cada documento leva um código único (ATCUD) e um código QR, obrigatórios desde 2022 e 2023. Terceiro, as séries de faturação têm de ser comunicadas à AT antes de serem usadas, e é a AT que devolve o código de validação que compõe o ATCUD. Quarto, o ficheiro SAF-T de faturação (ou a comunicação em tempo real por webservice) tem de chegar à AT até ao dia 5 do mês seguinte. Quinto, as faturas em PDF continuam a valer como faturas eletrónicas até ao fim de 2026; a assinatura eletrónica qualificada ficou para 2027, depois de vários adiamentos, e convém ir seguindo o tema com o contabilista.
Nada disto se faz à mão numa loja com 80 ou 300 encomendas por mês. Faz-se com uma integração.
O que a integração faz por si, encomenda a encomenda
Tanto o Moloni como o Vendus seguem a mesma lógica: a loja avisa o software quando uma encomenda fica paga e o software emite o documento. O cliente paga, a integração cria uma fatura ou fatura-recibo com os artigos, as taxas de IVA e os portes, envia o PDF por email e guarda a ligação ao documento na própria encomenda do Shopify. Se houver um reembolso, emite-se a nota de crédito correspondente. Se a loja gere stock no software de faturação, os níveis sincronizam-se nos dois sentidos, o que interessa a quem também vende ao balcão. E em qualquer dos dois é possível emitir guias de transporte quando a mercadoria circula com transportadora.
Uma marca de vinhos do Douro com 150 encomendas mensais gasta, sem integração, uns três minutos por fatura. São mais de sete horas por mês, com erros à mistura. Com a integração, sobra rever uma lista uma vez por semana.
Moloni ou Vendus: as diferenças que se sentem
Os dois são certificados pela AT e os dois resolvem o problema. A escolha costuma decidir-se pela forma de ligar e pelo que a loja tem para além do online.
O Moloni tem uma app oficial na Shopify App Store (Moloni Portugal, desenvolvida pela Webinfor e suportada pelo Moloni). Instala-se a partir do menu de integrações do Moloni e fica a correr dentro do painel do Shopify, com documentos, clientes, impostos, portes e armazéns configurados num só ecrã. O Vendus, hoje Cegid Vendus, liga-se por webhooks: cria-se o webhook nas notificações do Shopify com os dados que o Vendus indica, copia-se o código de volta e está feito. Os dois exigem o plano Flex ou Pro.
| Critério | Moloni | Vendus (Cegid Vendus) |
|---|---|---|
| Forma de ligar ao Shopify | App na Shopify App Store | Webhook criado no Shopify |
| Plano mínimo para a integração | Flex ou Pro | Flex ou Pro |
| Preço do plano Flex (anual, sem IVA) | cerca de 10,90 €/mês | cerca de 10,83 €/mês |
| Preço do plano Pro (anual, sem IVA) | cerca de 15,90 €/mês | cerca de 15,83 €/mês |
| Ponto forte típico | Configuração dentro do Shopify, armazéns por localização | POS de loja física e restauração maduro |
Os preços da tabela foram consultados em setembro de 2026 nas páginas de planos de cada marca e correspondem ao pagamento anual; no mensal ficam alguns euros acima. São valores da ordem de um café por dia, e por isso o preço raramente decide.
Quem tem loja física com POS costuma ficar melhor servido no Vendus, porque o ponto de venda de balcão, os talões e o multi-terminal são o coração do produto. Quem vive sobretudo do online e quer mexer o menos possível fora do painel do Shopify tende a preferir o Moloni. Se a dúvida persistir, os dois têm período de teste.
NIF, IVA, ilhas e vendas para fora: os casos que dão trabalho
O checkout do Shopify não tem um campo de NIF de raiz. As integrações resolvem isto com um campo adicional no checkout ou nas notas da encomenda, que a app lê e usa como contribuinte. Convém decidir isto no primeiro dia e testar com uma encomenda real. Sem NIF, a fatura sai para consumidor final, o que é perfeitamente legal. Com NIF de empresa, sai em nome da empresa e o cliente pode deduzir o IVA. Uma clínica em Viana que compra consumíveis online quer a fatura em nome da clínica, não do funcionário que fez a encomenda.
No IVA, a regra é simples de enunciar e fácil de estragar: cada produto no Shopify tem de estar associado à taxa certa (23%, 13% ou 6% no continente), e a integração tem de mapear essas taxas para as taxas do software. Uma salsicharia em Vinhais vende enchidos a 6%, mas se vender também uma tábua de madeira ou um avental, esses vão a 23%. Nos Açores as taxas são 16%, 9% e 4%, e na Madeira 22%, 12% e 4%, pelo que a loja precisa de cobrar o IVA da região de destino e a integração de o refletir na fatura. O Shopify calcula isto bem se as regiões estiverem ativas nas definições de impostos e os preços estiverem marcados como IVA incluído.
Para vendas a consumidores noutros países da UE, acima de 10 000 € por ano no conjunto da União aplica-se o IVA do país de destino, declarado numa só declaração trimestral pelo balcão único (OSS). Abaixo disso, aplica-se o IVA português. Antes de ativar mercados no Shopify Markets, vale uma conversa de dez minutos com o contabilista.
Configurar sem erros, pela ordem certa
- Criar e comunicar à AT uma série própria para a loja online (por exemplo, “FR2026SHOP”) e escolher o documento por defeito: fatura-recibo para pagamentos imediatos é o mais comum.
- Confirmar no Shopify que os preços incluem IVA e que Portugal, Açores e Madeira têm as taxas corretas em Definições, Impostos e taxas.
- Mapear as taxas do Shopify para as taxas e motivos de isenção do software; sem isto, os produtos a 6% saem a 23% ou a integração bloqueia.
- Garantir que cada produto tem SKU único e igual nos dois lados, para que o artigo e o stock casem sem duplicados.
- Definir os portes como uma linha própria na fatura, com IVA a 23%, e não escondidos no preço dos artigos.
- Escolher o gatilho: emitir quando a encomenda fica paga, nunca quando é criada. Uma referência Multibanco por pagar não é uma venda.
- Fazer duas encomendas de teste (uma sem NIF, outra com NIF de empresa e um produto a 6%) e ler as faturas linha a linha antes de abrir a loja.
Se a loja ainda está a escolher plano, a página Sobre o Shopify explica o que o Basic inclui e a calculadora de custos mensais soma plataforma, taxas e apps, faturação incluída.
Os erros que vemos mais vezes
Faturar antes do pagamento é o clássico. A encomenda entra com Multibanco, a fatura sai, o cliente nunca paga, e agora há uma fatura para anular e um SAF-T com lixo. O gatilho tem de ser o estado “pago”. Logo a seguir vem o reembolso duplicado: a loja devolve o dinheiro no Shopify, a integração emite a nota de crédito, e alguém, por zelo, emite outra à mão. Regra da casa: reembolsos tratam-se num sítio só.
Esquecer o SAF-T é o erro que mais custa. Os dois programas exportam o ficheiro e podem comunicá-lo automaticamente, mas alguém tem de confirmar até ao dia 5 que a comunicação foi feita. Vale a pena um lembrete mensal com nome próprio. Outros erros frequentes: produtos sem SKU, que geram artigos duplicados a cada encomenda; portes sem IVA; e integrações deixadas em modo de treino durante semanas, com documentos que nunca foram comunicados. Uma loja de Braga descobriu isto ao fim de dois meses e perdeu uma semana a refazer o histórico.
Perguntas frequentes
Tenho mesmo de emitir fatura quando o cliente não pede NIF?
Sim. A fatura é obrigatória em todas as vendas, com ou sem NIF do cliente. Sem NIF, sai como consumidor final. O que muda é apenas a possibilidade de o cliente a usar para deduções ou para o e-fatura.
Fatura ou fatura-recibo numa loja online?
Como o pagamento acontece no momento da compra, a fatura-recibo é o documento natural e evita emitir recibo à parte. A fatura simples faz sentido em vendas a empresas com pagamento a prazo, que o B2B do Shopify já permite no Basic.
Posso continuar a usar o meu software atual em vez do Moloni ou do Vendus?
Provavelmente. InvoiceXpress, TOConline, PHC e outros também têm ligações ao Shopify. Falamos do Moloni e do Vendus porque são os que mais encontramos em PME portuguesas. O critério é o mesmo para todos: emissão automática ao pagamento, notas de crédito ligadas ao reembolso e SAF-T sem intervenção.
E se a integração falhar numa encomenda?
Acontece, sobretudo por taxa de IVA não mapeada ou NIF mal escrito. As integrações registam o erro (o Moloni envia mesmo um aviso por email), corrige-se o dado e volta-se a emitir a partir da própria encomenda. O que não pode acontecer é ninguém olhar para a lista de falhas durante um mês.
Faturar bem é não pensar nisso
Uma loja online bem montada fatura sem que ninguém carregue num botão: a encomenda é paga, a fatura sai, o cliente recebe-a, o SAF-T segue no dia certo. O Moloni e o Vendus fazem isto há anos com o Shopify e custam menos do que um almoço por mês. O trabalho está na configuração inicial. Depois disso, a faturação passa a ser aquilo que deve ser: invisível.
Se está a montar a loja ou a herdar uma que fatura à mão, fale connosco. Ligamos a faturação, testamos os casos difíceis e deixamos tudo documentado, como nos projetos que já entregámos.
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